Slegs 21 jaar na die ontstaan van die eerste gemeente in die Kaap, is die gemeente Stellenbosch in 1686 onder leiding van ds. Johannes Overney - een van die leraars in die Kaap - gestig. Die stigtingsbyeenkoms het op Sondag 13 Oktober 1686 in een van die "Vrijmans"-wonings plaasgevind. Terwyl die genoemde leraar slegs elke 3 maande 'n besoek aan die gemeente Stellenbosch gebring het, is die beaarbeiding van die gemeente deur sieketrooster Sybrand Mankandan waargeneem. Danksy die steun van kommandeur Simon van der Stel kon die eerste kerkgeboutjie (geleë in die huidige Kerkstraat) na 'n jaar en ses dae ingewy word. Die diens by die geleentheid is deur Johannes van Andel gelei. Voor die benoeming van 'n permanente leraar het die predikante van "Cabo de Goede Hoop" en "Drakensteyn" die sakramente in die gemeente bedien.

Die eerste vaste leraar van die gemeente, ds. Hercules van Loon, word in 1700 benoem en na 'n kortstondige bediening deur ds. Henricus Beck (1704 - 1726) opgevolg. In 1710 word op 3 na alle geboue op Stellenbosch deur 'n verwoestende brand in puin gelê. Goewerneur Maurits Pasques de Chavonnes verleen in 1717 transport van 'n stuk grond vir 'n nuwe kerkgebou wat in 1722 ingewy word. Die volgende leraars volg mekaar - soms met lang tussenposes - op: Solomon van Echten (1732-1736); Wilhelm van Gend (1739-1744); Eduardus Arents (1747-1749); Johannes Appeldoorn (1753-1772); Philippus Kuys (1778-1785); Meent Borcherdts (1786-1832) wat die sierlike woning La Gratitude laat oprig; Tobias Johannes Herold (1832-1857) en Johannes Henoch Neethling (1853-1904). Op 1 November 1854 word die Teologiese Kweekskool plegtig geopen. Die huidige kerkgebou met sy statige Gotiese spitsboë vind op 31 Oktober 1863 plaas.

In Eeuwfeest-Album van der Nederduits-Gereformeerde Kerk in Zuid-Afrika 1824-1924, deur Ds A Dreyer verskyn daar 'n prent van die kerk in 1722.